Аутоантитела к внутреннему фактору (фактору Кастла) способны вызывать нарушение его связывания и транспорта в стенку кишки витамина В12 (кобаламина) как за счет блокады связывания с витамином, так и препятствуя адсорбции комплекса в тонком кишечнике. Антитела к внутреннему фактору являются более специфичными по сравнению с антителами к париетальным клеткам желудка при диагностике пернициозной анемии и дефицита витамина В12, однако встречаются только у 60% больных с аутоиммунным гастритом.